Структура АГУ: 3 института (инновационный естественный институт; институт исследований проблем Юга России и Прикаспия, физико-математический институт), 16 факультетов, колледж, филиал АГУ в г. Знаменске, подготовительное отделение для иностранных граждан. Органы управления: конференция работников и обучающихся; ученый совет; ректор; президент; попечительский совет. Функционируют 9 управлений, 7 проектных офисов, 4 департамента, отдел внутреннего финансового аудита, отдел информационной безопасности, юридический отдел.
При присоединении АГАСУ к АГУ будет создана «Академия архитектуры и строительства», в которую войдет факультет архитектуры и дизайна АГУ. Ряд управленческих структурных подразделений АГАСУ будут упразднены. Из АГАСУ будет перенято все лучшее – научная школа, преподавательский состав, студенческие традиции, и сформирована единая корпоративная культура с сохранением системы академических ценностей, что позволит «мягко» и быстро интегрироваться в систему АГУ.
Организационная структура управления АГУ является состоятельной и существенно не изменится. В целях повышения эффективности управления университетом предусмотрено изменение системы управления внутри вуза.
Основными принципами организации системы управления АГУ и программой развития, а также различными объединениями (в т.ч. консорциумами) являются: интеграция в единую систему планирования — индивидуальных программ (дорожных карт) деятельности сотрудников, структурных подразделений, Университета; открытость и гласность при принятии управленческих решений, полное вовлечение коллектива в реализацию мероприятий; обеспечение методического и информационного единства Программы (системы критериев для оценки результативности мероприятий, формы представления информации о мероприятиях на всех этапах, формы отчетов, процедуры мониторинга и алгоритмы прогнозной оценки результатов); в рамках проектного управления — встраивание проектов межфакультетского, межкафедрального взаимодействия проектных команд в систему финансовой ответственности; обеспечение адекватного представительства коллектива вуза, органов госвласти, индустриальных и научно-образовательных партнеров и общественности в управлении.
Руководителем Программы является ректор университета, который несет персональную ответственность за ее реализацию, результаты, целевое и эффективное использование выделяемых финансовых средств, а также определяет формы и методы управления ее реализации. Общую координацию работ по Программе и взаимодействию с участниками консорциумов будет осуществлять Дирекция программ стратегического развития (ДПСР) – структурное подразделение Университета. Основные направления деятельности ДПСР: организация, мониторинг и контроль выполнения Программы; координация реализации стратегических проектов и взаимодействия с проектными командами; взаимодействие с внешними организациями и экспертами.
Ученый совет Университета: рассматривает материалы о ходе реализации мероприятий; организует проверки выполнения, целевого и эффективного использования средств; выявляет проблемы и готовит рекомендации по повышению эффективности реализации мероприятий с учетом хода реализации Программы и тенденций социально-экономического развития региона и РФ. Президент Университета: рассматривает результаты реализации мероприятий Программы в части сохранения лучших традиций и соответствия стратегическому развитию вуза; готовит рекомендации с учетом хода ее реализации и тенденций социально-экономического развития государства. Попечительский совет университета: рассматривает материалы о ходе реализации мероприятий, связанных с использованием внебюджетных источников, с целью контроля произведенных расходов; организует мероприятия по привлечению внебюджетных средств; анализирует эффективность политики в образовании, научно-инновационной деятельности.
Модель управления будет строиться на декомпозиции показателей результативности Программы до уровня результативности центров компетенций. Механизм управления предполагает высокую степень самостоятельности руководителей проектных команд, которые будут распоряжаться финансовыми ресурсами и персонально отвечать за достижение показателей. Руководители проектных команд входят в ДПСР, несут ответственность за реализацию проектов и мероприятий.